Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.2 ms