Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC119751.2-201ENST00000504529 210 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 POLE2-203ENST00000553805 496 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 FKBP11-203ENST00000453172 959 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 ATP6V0B-201ENST00000236067 944 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms