Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms