Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 624.1 ms