Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 FAM156B-207ENST00000616419 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 FAM156A-212ENST00000617970 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 C2orf50-201ENST00000381585 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.4 ms