Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC19.65■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC19.65■□□□□ 0.74
VPS54Q9P1Q0 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.65■□□□□ 0.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms