Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AHDC1-202ENST00000374011 6438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.2 ms