Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
SDC1P18827 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SDC1P18827 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
SDC1P18827 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SDC1P18827 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SDC1P18827 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
SDC1P18827 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
SDC1P18827 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 C2orf50-201ENST00000381585 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
SDC1P18827 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SDC1P18827 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SDC1P18827 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
SDC1P18827 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SDC1P18827 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
SDC1P18827 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SDC1P18827 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
SDC1P18827 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SDC1P18827 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
SDC1P18827 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SDC1P18827 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SDC1P18827 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SDC1P18827 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms