Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms