Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

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Length 660 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 KCTD11-201ENST00000333751 2783 ntAPPRIS P1 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 MYB-241ENST00000616088 3573 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 PTK6-202ENST00000542869 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
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ZNF540Q8NDQ6 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 FAM156B-207ENST00000616419 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 FAM156A-212ENST00000617970 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SIKE1-203ENST00000369528 5506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SRCIN1-215ENST00000621492 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 OGFOD2-202ENST00000397389 2308 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
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