Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SOX4Q06945 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms