Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 C12orf10-201ENST00000267103 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC002310.2-201ENST00000486926 950 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 MUTYH-237ENST00000531105 501 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL4A3Q01955 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.5 ms