Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 MGAT1-214ENST00000507384 572 ntTSL 424.14■■□□□ 1.466e-6■■■■■ 110.9
SF3B1O75533 ACER3-202ENST00000525194 846 ntTSL 1 (best)23.53■■□□□ 1.363e-6■■■■■ 110.9
SF3B1O75533 MGAT1-209ENST00000505682 534 ntTSL 319.28■□□□□ 0.686e-6■■■■■ 110.9
SF3B1O75533 MGAT1-208ENST00000504671 878 ntTSL 317.21■□□□□ 0.356e-6■■■■■ 110.9
SF3B1O75533 ACER3-205ENST00000526597 1269 ntTSL 2 BASIC14.08□□□□□ -0.163e-6■■■■■ 110.9
SF3B1O75533 ACER3-201ENST00000278544 3500 ntTSL 1 (best)13.96□□□□□ -0.173e-6■■■■■ 110.9
SF3B1O75533 ACER3-210ENST00000531352 2093 ntTSL 1 (best)12.63□□□□□ -0.393e-6■■■■■ 110.9
SF3B1O75533 ACER3-212ENST00000532485 7378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.87□□□□□ -0.993e-6■■■■■ 110.9
SF3B1O75533 ACER3-213ENST00000533873 929 ntTSL 2 BASIC7.54□□□□□ -1.23e-6■■■■■ 110.9
SF3B1O75533 ACER3-208ENST00000530334 931 ntTSL 26.43□□□□□ -1.383e-6■■■■■ 110.9
SF3B1O75533 ACER3-206ENST00000527508 531 ntTSL 22.53□□□□□ -23e-6■■■■■ 110.9
SF3B1O75533 DNMT1-201ENST00000340748 5408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.292e-6■■■■■ 110.9
SF3B1O75533 DNMT1-203ENST00000540357 4916 ntTSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.292e-6■■■■■ 110.9
SF3B1O75533 DNMT1-228ENST00000592705 5215 ntTSL 1 (best)13.04□□□□□ -0.322e-6■■■■■ 110.9
SF3B1O75533 DNMT1-202ENST00000359526 5206 ntTSL 1 (best) BASIC12.4□□□□□ -0.422e-6■■■■■ 110.9
SF3B1O75533 GPR107-208ENST00000610997 2813 ntTSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.233e-6■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 GPR107-203ENST00000372410 6991 ntTSL 5 BASIC11.2□□□□□ -0.623e-6■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 GPR107-201ENST00000347136 7209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.663e-6■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 GPR107-202ENST00000372406 7353 ntTSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.73e-6■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 CEP250-202ENST00000397527 15703 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.6□□□□□ -1.192e-6■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 AGO1-202ENST00000373206 3996 ntTSL 2 BASIC7.73□□□□□ -1.175e-6■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 SRSF11-204ENST00000395136 1408 ntTSL 1 (best)28.5■■■□□ 2.151e-6■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 TAF9-206ENST00000508954 1057 ntTSL 226.2■■□□□ 1.793e-12■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 TAF9-207ENST00000509462 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 226.15■■□□□ 1.783e-12■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.33e-12■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 TAF9-203ENST00000503245 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 522.88■■□□□ 1.253e-12■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 TAF9-208ENST00000512152 582 ntAPPRIS ALT2 TSL 222.67■■□□□ 1.223e-12■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.221e-6■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 RPTOR-208ENST00000574767 2461 ntTSL 216.32■□□□□ 0.24e-6■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 AK6-201ENST00000380818 1183 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.143e-12■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 TAF9-202ENST00000328663 1461 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.033e-12■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 AK6-202ENST00000380822 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.1□□□□□ -0.153e-12■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 BAIAP2L1-201ENST00000005260 3622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.322e-6■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 AK6-204ENST00000512561 587 ntTSL 5 BASIC8.14□□□□□ -1.113e-12■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 AK6-203ENST00000502819 743 ntTSL 5 BASIC7.59□□□□□ -1.193e-12■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 SRSF11-202ENST00000370950 3784 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.63□□□□□ -1.351e-6■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 AK6-205ENST00000618980 483 ntTSL 2 BASIC4.02□□□□□ -1.773e-12■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 SLC25A39-213ENST00000591006 2217 ntTSL 213.82□□□□□ -0.21e-6■■■■■ 110.8
SF3B1O75533 AGO2-205ENST00000519980 3141 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.361e-6■■■■■ 110.7
SF3B1O75533 AGO2-209ENST00000523609 3050 ntTSL 1 (best)11.92□□□□□ -0.51e-6■■■■■ 110.7
SF3B1O75533 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.233e-6■■■■■ 110.7
SF3B1O75533 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.244e-6■■■■■ 110.7
SF3B1O75533 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.044e-6■■■■■ 110.7
SF3B1O75533 PWWP2A-202ENST00000456329 3991 ntTSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.164e-6■■■■■ 110.7
SF3B1O75533 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.227e-7■■■■■ 110.7
SF3B1O75533 LARP1B-209ENST00000508819 1891 ntTSL 57.48□□□□□ -1.213e-7■■■■■ 110.6
SF3B1O75533 LARP1B-201ENST00000326639 4891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.17□□□□□ -1.263e-7■■■■■ 110.6
SF3B1O75533 DDX11-211ENST00000538345 498 ntTSL 513.35□□□□□ -0.275e-8■■■■■ 110.6
SF3B1O75533 DDX11-223ENST00000542838 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.285e-8■■■■■ 110.6
SF3B1O75533 CNKSR3-205ENST00000607772 21063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.25□□□□□ -1.257e-15■■■■■ 110.6
SF3B1O75533 AL031666.3-201ENST00000609320 1006 ntBASIC4.45□□□□□ -1.77e-15■■■■■ 110.6
SF3B1O75533 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.382e-6■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 CCDC91-217ENST00000543809 1667 ntTSL 1 (best)5.07□□□□□ -1.63e-6■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 CCDC91-201ENST00000381259 2334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5□□□□□ -1.613e-6■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 CCDC91-221ENST00000545737 1578 ntTSL 1 (best)4.33□□□□□ -1.723e-6■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 CCDC91-210ENST00000540401 1439 ntTSL 1 (best)3.15□□□□□ -1.93e-6■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 SMYD3-201ENST00000366516 1863 ntTSL 1 (best)9.42□□□□□ -0.92e-6■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 SMYD3-209ENST00000470510 1042 ntTSL 57.54□□□□□ -1.22e-6■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 SLC25A21-203ENST00000555449 1023 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.063e-6■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 SLC25A21-201ENST00000331299 2785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.07□□□□□ -0.643e-6■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 SERGEF-211ENST00000529440 439 ntTSL 214.36□□□□□ -0.113e-6■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 SERGEF-210ENST00000529151 898 ntTSL 314.36□□□□□ -0.113e-6■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 SERGEF-221ENST00000532546 833 ntTSL 313.61□□□□□ -0.233e-6■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 SERGEF-206ENST00000525920 497 ntTSL 312.7□□□□□ -0.383e-6■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 SERGEF-222ENST00000533241 539 ntTSL 47.31□□□□□ -1.243e-6■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.196e-7■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 RBM38-202ENST00000344785 2193 ntTSL 519.06■□□□□ 0.646e-7■■■■■ 110.5
SF3B1O75533 AC016687.3-201ENST00000512581 440 ntTSL 33.11□□□□□ -1.914e-7■■■■■ 110.4
SF3B1O75533 PDXK-210ENST00000468090 7297 ntTSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.193e-6■■■■■ 110.4
SF3B1O75533 PDXK-201ENST00000291565 7366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.453e-6■■■■■ 110.4
SF3B1O75533 HDAC6-220ENST00000477528 4832 ntTSL 1 (best)14.81□□□□□ -0.044e-7■■■■■ 110.4
SF3B1O75533 HDAC6-201ENST00000334136 4190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.444e-7■■■■■ 110.4
SF3B1O75533 HDAC6-203ENST00000376619 4179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.624e-7■■■■■ 110.4
SF3B1O75533 SFMBT2-203ENST00000379713 2402 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.194e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 NT5DC1-203ENST00000419791 667 ntTSL 315.07■□□□□ 03e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 TBCK-204ENST00000394708 3047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.584e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 TBCK-202ENST00000361687 3312 ntTSL 1 (best) BASIC9.69□□□□□ -0.864e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 TBCK-203ENST00000394706 3349 ntTSL 1 (best) BASIC9.17□□□□□ -0.944e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 TBCK-201ENST00000273980 8101 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.02□□□□□ -0.974e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 TBCK-206ENST00000467183 3566 ntTSL 1 (best)8.64□□□□□ -1.034e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 TBCK-205ENST00000432496 3362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.16□□□□□ -1.424e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 WDR4-204ENST00000470658 901 ntTSL 522.59■■□□□ 1.213e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.011e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.673e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 ECI2-208ENST00000478266 1133 ntTSL 518.37■□□□□ 0.533e-21■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.355e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.215e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.211e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 CYHR1-208ENST00000528663 5821 ntTSL 1 (best)15.37■□□□□ 0.051e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 ECI2-210ENST00000495548 814 ntTSL 515.08■□□□□ 03e-21■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 ECI2-209ENST00000489086 558 ntTSL 215.06■□□□□ 03e-21■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 ECI2-202ENST00000380118 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.073e-21■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 ECI2-207ENST00000465828 1548 ntTSL 5 BASIC14.43□□□□□ -0.13e-21■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 ECI2-201ENST00000361538 1380 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.133e-21■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 RAP2C-203ENST00000460462 804 ntTSL 313.65□□□□□ -0.221e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 AMDHD2-202ENST00000302956 3273 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.243e-6■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 ECI2-205ENST00000464057 2122 ntTSL 212.82□□□□□ -0.363e-21■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 ECI2-203ENST00000380120 1469 ntTSL 212.68□□□□□ -0.383e-21■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 ECI2-211ENST00000496241 1451 ntTSL 1 (best)12.52□□□□□ -0.413e-21■■■■■ 110.3
SF3B1O75533 EIF2B3-203ENST00000372183 1457 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.545e-6■■■■■ 110.3
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1082 ms