Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms