Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SOX4Q06945 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms