Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
MSX1P28360 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 NOVA2-201ENST00000263257 7803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
MSX1P28360 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
MSX1P28360 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
MSX1P28360 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms