Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
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