Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIG3P49916 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIG3P49916 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIG3P49916 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
LIG3P49916 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIG3P49916 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIG3P49916 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIG3P49916 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIG3P49916 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIG3P49916 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIG3P49916 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIG3P49916 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIG3P49916 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIG3P49916 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 PBX1-219ENST00000560641 3225 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LIG3P49916 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 ZBTB17-216ENST00000537142 2511 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LIG3P49916 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG3P49916 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG3P49916 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG3P49916 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG3P49916 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG3P49916 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG3P49916 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG3P49916 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG3P49916 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG3P49916 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG3P49916 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG3P49916 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG3P49916 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG3P49916 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LIG3P49916 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms