Protein–RNA interactions for Protein: P48729

CSNK1A1, Casein kinase I isoform alpha, humanhuman

Predictions only

Length 337 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CSNK1A1P48729 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CSNK1A1P48729 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms