Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 LBHD1-201ENST00000354588 1320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 SYNE2-228ENST00000639659 1290 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 TRMT112-201ENST00000308774 561 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 HLA-DPB2-205ENST00000435074 1188 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 WASH4P-201ENST00000564273 1246 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 AC105020.3-201ENST00000566036 560 ntTSL 4 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
HLA-CQ95604 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms