Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.2 ms