Protein–RNA interactions for Protein: Q86TS7

LINC00643, Putative UPF0730 protein encoded by LINC00643, humanhuman

Predictions only

Length 51 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00643Q86TS7 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms