Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CHD3Q12873 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
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