Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms