Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIG1P18858 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIG1P18858 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIG1P18858 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIG1P18858 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIG1P18858 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIG1P18858 CHST10-201ENST00000264249 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIG1P18858 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIG1P18858 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIG1P18858 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIG1P18858 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIG1P18858 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIG1P18858 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIG1P18858 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.3 ms