Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 HS2ST1-201ENST00000370550 6736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CHDH-201ENST00000315251 7665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 DPYSL3-201ENST00000343218 5476 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 NFATC4-204ENST00000424781 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SIN3B-202ENST00000379803 5129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 DNAJC21-202ENST00000382021 6208 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PAK2-201ENST00000327134 6139 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MYRIP-202ENST00000396217 4877 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RBPJ-205ENST00000355476 5990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 KCTD7-206ENST00000639828 5951 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ESPNL-201ENST00000343063 4836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 LMAN1-201ENST00000251047 5521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 FBXO28-201ENST00000366862 5451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MIR600HG-201ENST00000449175 5984 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 KDM5C-205ENST00000404049 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms