Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.03
CHD3Q12873 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.04
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CHD3Q12873 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
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