Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 HGNC:18790-203ENST00000433139 2254 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIG1P18858 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 SURF4-208ENST00000613129 3148 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIG1P18858 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIG1P18858 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIG1P18858 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC19.88■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms