Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms