Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 DAB2IP-205ENST00000408936 6784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
VPS39Q96JC1 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.7 ms