Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms