Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.7 ms