Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z3B4

NUP54, Nucleoporin p54, humanhuman

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP54Q7Z3B4 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
NUP54Q7Z3B4 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms