Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM28Q13263 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
TRIM28Q13263 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
TRIM28Q13263 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
TRIM28Q13263 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
TRIM28Q13263 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
TRIM28Q13263 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM28Q13263 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC21.31■■□□□ 1
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