Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SH2B3-202ENST00000538307 2062 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms