Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 SPEG-201ENST00000312358 10782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 IBA57-201ENST00000366711 7817 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 ASAP3-212ENST00000618240 2226 ntTSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 MIR600HG-201ENST00000449175 5984 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 LHFPL2-207ENST00000515007 4680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 PPM1F-203ENST00000407142 5587 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 SPN-201ENST00000360121 6894 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 INPP5B-202ENST00000373023 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 FBXO46-201ENST00000317683 3001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 MCF2L-232ENST00000535094 3752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 ANKS6-202ENST00000375019 2586 ntTSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 UNC13A-204ENST00000550896 5200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 ADAM15-205ENST00000360674 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
RPUSD4Q96CM3 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms