Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms