Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 PRKCSH-205ENST00000587327 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
LIG1P18858 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIG1P18858 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms