Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
SOX4Q06945 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
SOX4Q06945 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SOX4Q06945 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SOX4Q06945 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SOX4Q06945 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SOX4Q06945 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SOX4Q06945 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SOX4Q06945 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms