Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL4A3Q01955 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL4A3Q01955 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms