Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXD4P09016 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms