Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.6 ms