Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP47Q96K76 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms