Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TTC6-206ENST00000553443 5833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 NACC2-201ENST00000277554 6899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PARD3B-204ENST00000406610 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 MVB12B-201ENST00000361171 4819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC54Q8NEL0 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms