Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SOX4Q06945 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SOX4Q06945 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms