Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 AL008721.1-201ENST00000609964 604 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms