Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms