Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 JMJD1C-202ENST00000399262 8666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SKA3Q8IX90 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.9 ms