Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 CKLF-203ENST00000351137 508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TCOF1Q13428 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
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