Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIM2P55344 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIM2P55344 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIM2P55344 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIM2P55344 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIM2P55344 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms